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细胞表面蛋白的光谱(表面组)是制药行业的重点之一，因为在药物库数据库中注册的66%的已批准的人类药物都是针对细胞表面的蛋白质，这使得表面组具有重要的治疗意义[1]。然而，对人体表面蛋白库的全面评估仍然是一个主要挑战，需要几种方法来检查细胞表面蛋白，特别是在可用细胞数量较少的情况下。

通过下一代大体积rna测序和单细胞rna测序的深度测序进行基因表达分析，结合蛋白质组学的细胞表面蛋白表达，有可能克服对人类细胞表面基因的不准确预测。这种方法可以避免依赖于mRNA水平和有效蛋白质表达之间的假设相关性，并定义细胞蛋白质组，包括位于细胞表面的蛋白质。

目前，最先进的基于ngs的转录组学技术专注于单个细胞的分析，并允许对罕见细胞类型或细胞亚群[2]的表面标记进行表征。此外，在过去的几年里，蛋白质组学方法已经提高了它们的灵敏度，这导致质谱应用[1]的实质性改进。

最后，这种方法可以构成一种系统的靶点发现方法，以设计新的癌症靶向治疗方法，在免疫治疗和工程细胞治疗领域尤其有用。

免疫细胞疗法在包括血液系统恶性肿瘤在内的几种癌症中取得了惊人的进展，包括工程T细胞受体(TCR)、肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)、细胞毒性T淋巴细胞(ctl)、自然杀伤细胞(NK)和嵌合抗原受体(CAR)-T细胞，以及其他[3]。重要的是，细胞疗法治疗患者的成功取决于抗原的选择，理想的抗原应该是在靶向癌细胞[4]中均匀且强烈表达的细胞表面蛋白。其他方法，如多肽疫苗，利用恶性胶质瘤[5]体内表达的细胞表面抗原，提供了安全性和免疫原性的概念证明。类似地，完整的肿瘤抗原库的特征可以提供更有效的个体化疫苗免疫治疗，正如胶质瘤积极个体化疫苗联盟(GAPVAC)[6]所显示的那样。

此外，主要的挑战之一是肿瘤间和肿瘤内的异质性，因为抗原在患有同一肿瘤的不同患者之间是高度异质性的，并不是所有的肿瘤细胞都统一表达相同的表面抗原。与靶向癌细胞一起，可以通过抑制肿瘤微环境的细胞，如促肿瘤巨噬细胞[7]，来设想多靶向方法。

结论

总之，我们不应低估靶点发现阶段的重要性，它是为新的靶向治疗选择良好的抗原、减少副作用和最大化抗肿瘤疗效的关键步骤。在这方面，广泛的临床前研究结合跨生物信息学和细胞生物学/细胞工程对所选抗原的跨学科方法是必要的。

参考文献

1. 鲍奇-福禄克D，高德曼U，穆勒S(2018)在硅人体表面。美国国家科学研究院115: E10988-E10997。
2. 黄波，李俊华，邦D(2018)单细胞RNA测序技术与生物信息学管道。Exp Mol医学50.
3. Rafei H, Mehta RS, Rezvani K(2019)社论:癌症中的细胞疗法。前面Immunol10: 2788。
4. Abbott RC, Cross RS, Jenkins MR(2020)找到CAR的关键:识别T细胞重定向免疫疗法的新靶抗原。国际分子科学杂志21.
5. Migliorini D, Dutoit V, Allard M(2019)多肽IMA950/多聚iclc疫苗在新诊断的成人恶性星形细胞瘤患者中的安全性和免疫原性的I/II期试验。神经肿瘤防治杂志21日:923 - 933。
6. Hilf N, Kuttruff-Coqui S, Frenzel K(2019)对新诊断的胶质母细胞瘤积极进行个性化疫苗接种试验。自然565: 240 - 245。
7. Joyce JA(2005)肿瘤微环境的治疗靶向。癌症细胞7: 513 - 520。